第一部三国：逐鹿天下说到，各路诸侯集结讨伐董卓，迫使其在公元191年2月败走长安，来到第二部三国：长安之乱，就是讲在长安中发生的一系列事件。
比如，董卓为了筹集更多金钱用于战争以及各种开支，开始铸造小钱，并强行用这种钱购买货物、粮食，连当年秦始皇铸造的铜人，都被他熔炼铸铜钱。
又比如董卓拜太师、号尚父，在此之前被称为尚父的只有周朝开国功臣姜子牙。
再比如以杀立威，滥杀成性董卓偏执地认为，士人阶层对他的反对是因为自己太仁慈，杀得不够，必须以暴力震慑士人，他们才不敢反对自己。
而董卓在长安继续着荒淫暴政，也使得对他心怀痛恨的人越来越多，当然不止伍孚、荀攸、华歆这一批人，这时，名声更响的王允、吕布亦在其中。
自董卓掌权以来，司徒王允就一直在隐忍，寻找机会除掉国贼，他曾与皇甫嵩密谋，后因皇甫嵩兵权被削而作罢，后来与尚书仆射士孙瑞、中郎将吕布共同合谋诛杀董卓。
正史上的行刺过程当然没有三国演义中那么精采，没有所谓的“美人计”，于公元1924月，在未央殿上吕布将长矛刺入董卓咽喉，然后斩杀首级。
其实，吕布与董卓的决裂，是两人性格所致。
董卓性格鲁莽，做事不计后果，一次不知何故，董卓很生吕布的气，抄起手戟就朝吕布掷出去，要知道手戟是兵器，被刺中不死也要重伤，多亏吕布身手敏捷躲了过去，赶紧逃离现场，事后董卓也很后悔，对吕布好言安抚，这事就算过去了。
但董卓这种性格，吕布深知自己“伴君如伴虎”，加上并州军素来与凉州军不和，两派将领本就不是一路人，另外吕布也观察到暗流涌动，知道董卓不可能长期维持下去，丁原他都能杀，董卓他杀起来更不会有心理障碍。
乱天下的董卓死了，但是，他的死却并没有使汉朝毁灭的车轮停止滚动。
李傕、郭汜、樊稠三人组建联盟打着为董卓报仇的旗号，驱逐了吕布，控制了长安，之后又内斗。
至此，长安之乱告一段落。
在剧情上，第二部要比第一部看起来简单，百分之八十都发生在长安，围绕吕布、董卓、王允等人展开。
而相对于上一部，这一部的剧本中真实历史、史书和的比例为5:2:3，这就使得剧情看着有“魔改”的味道。
倒不是要洗白谁，抹黑谁，赞美