赶忙去求见，胡亥当然不见，一连几次都是如此，李斯乃不敢再往。偏赵高又着人催促，说是主上此刻无事，正好进谏，不得再误。李斯信以为真，急往求见，又受了一碗闭门羹。二世见李斯频频非时求见，扰其兴趣，遂发怒道：“李斯这老贼竟敢拿朕寻开心!我闲着的时候他不奏事，偏我宴饮正酣之时扫我兴致。难道是看朕年轻，瞧不起朕吗。”
赵高在一旁立即应声说：“也有可能。沙丘之谋丞相也是参与者，现在陛下做了皇帝，他却没有捞到多少好处，必定怀恨在心。大概他是想让陛下封他为王呢!”赵高见胡亥的脸色越来越青，又压低了嗓门轻轻叹道：“另外还有一事，陛下不问臣也不敢直言相告。”胡亥厉声问道：“莫非又与李斯有关？”赵高拜了两拜接着说：“丞相的长子李由现任三川郡守，造反闹事的贼子陈胜等人与丞相又是同乡。正是因为这层关系，所以盗贼们经过三川的时候，李由也不组织攻击，致使事端越闹越大。臣还听说李由与陈贼有过书信往来，由于没有真凭实据，我才不敢贸然奏知圣上。”胡亥一听雷霆大发，立刻就要审办李斯，并当即派人去调查李由通盗一事。
李斯多次入宫不得一见，又闻二世派人查办其子，方知受了赵高之欺。于是上书劾奏赵高，历陈罪恶。极言赵高擅作威福，权倾人主。今若不除，后恐为变！
然而胡亥早就被赵高迷惑，视其为股肱心腹尽忠贤臣。他将李斯的申诉书交给赵高过目。赵高佯作悲伤凄凄惨惨地说：“丞相父子谋逆之心已久。臣死不足惜，只是担心陛下安危。”听了这几句“赤胆忠心”之言，胡亥大为感动，他安慰赵高道：“爱卿不必挂心，有朕在，谁敢动你。”自此赵高更加肆无忌惮。
却说李由到雍丘不久，项羽、刘邦就攻破城阳，西攻定陶不下，直扑雍丘攻城。楚军进攻，李由一面派人到濮阳向章邯求援，一面组织军民固守。李由身先士卒拼命死守。激战到第四天中午，李由左臂中箭血流如注。他拔出箭头，包扎好伤口后继续指挥作战。下午城破，李由率秦军巷战。杀到城西门时身边只剩下十几个贴身护卫。最终为刘邦部下曹参斩杀。
李由死后，义军将士见他血染战衣，仍手握长矛怒目圆瞪，为之哭泣。前去调查的王明、陈宗正闻听此事后，冒死向二世呈奏道：“臣奉诏至关东查三川郡守李由，其并无通寇之事。雍丘一战为国捐躯，忠烈可嘉。”项羽目睹李由惨烈之状也深为感动，令人把李由尸体送回其老家上蔡安葬。不过这一切二世都蒙在鼓里，王明、陈宗的上