我跟你们再来决个胜败，我不勉强你们投降。”樊崇磕着头说：“我们今天能够归顺皇上，正像婴儿见到慈母一样，只有欢喜没有后悔。”
汉光武带着樊崇他们到了洛阳，分给他们田地房屋，让他们和妻子住在一起。那时候汉光武的叔父刘良已经封为赵王，就让刘盆子做了赵王的郎中，杨音封为关内侯，徐宣、谢禄和刘恭也各有官职。刘恭替更始报仇把谢禄杀了，自己叫人绑着进了监狱。汉光武因为以前下过命令，“官吏、百姓有谋害淮阳王的，一概处死”，也就把刘恭放了。
樊崇和逄安是赤眉军的主要首领，汉光武虽然没说话，大臣们觉得留着他们不太妥当。不久还是以谋反的罪名把他们杀了。
赤眉军被扑灭后，关中没有统一的领导。不少豪强各自占据地盘，自称将军互相攻打。光是关中这一地区就有十来个头儿。其中势力最大的要数延岑。他在关中发号施令委任官吏，好像已经做了关中的霸主似的。
大树将军冯异这时做了征西大将军。他的征西计策是安抚和围剿并用，有时候多安抚少围剿。这种办法很顶事，“安抚”下来，居然把延岑的部下收服了不少。然后集中兵力突然袭击延岑。延岑连连打了败仗，只好离开关中逃到蜀地，归附公孙述，公孙述拜他为大司马。冯异依照汉光武的嘱咐，只把关中几个首领送到洛阳去，别的人都遣散回家。关中总算给冯异平下来了。