战数阵，杀死蛮众无数。征侧征贰两姊妹拚命逃入金溪穴中，穴甚深邃，四围有大山包住，只有一口可通。征侧、征贰窜入此穴，使残众堵住穴口，大有一夫当关，万夫莫开的架势。马援率众到了穴前，察视四周，除穴口外无缝可钻，倒也踌躇得很。自思留此两妇终究是将来祸祟，理应斩草除根方免后患。于是下令军士随山伐木，就穴口筑起巨栅容纳全师；再命各郡收聚粮食输运军前。征侧征贰穴中备有粮草，足资一年。不过如螺蚌缩入壳中，能长此不开么？过了数月汉兵不退，又过数月仍然不退，直到岁暮年阑，穴内粮食告罄，且水道也被汉兵塞断，涓滴不见流入，害得又饥又渴无可为生。征侧、征贰不能再伏穴中，只得驱众杀出。没奈何汉兵早已在穴口待着，见一个，杀一个，见两个，杀一双，吓得蛮众又退回穴内。马援传令投降免死，蛮众遂一齐抛去兵械匍匐乞降，征侧征贰两人也跪倒地上哀求饶命。马援作色道：“无知贱婢也想抗拒天朝，今日还想求生么？”说毕即令刀斧手将两女推出斩首，然后将首级献入都中，想洛阳城中难得见此猛女头颅。
战后马援着手开展民生恢复工作，组织大量人力在各地修建城池、开渠引水，帮助当地人发展农业生产。他还召集各部首领向他们重申汉廷法律，要求他们据此修改本族的传统风俗，同时命令当地官员废除各种歧视压迫原住民的法规。这些措施使汉族移民与土著之间的冲突得以缓解，交趾的形势日趋稳定。
公元44年，结束善后的马援班师回朝，只留下部分兵力驻守交趾。在此之前，马援命人在交趾最南端的日南郡树立两根铜柱。这样做的目的，除了与更南边的西屠国确定分界线外，还在于夸耀汉朝武功。为防止交趾土著拆毁铜柱，马援特意命人在铜柱上刻下“铜柱折，交趾灭”的六字咒文。
后来交趾人屡次想破坏铜柱，可又惧怕铜柱上咒文的魔力，只得向其投掷瓦块石头泄愤，久而久之，竟然堆起两座小山。
马援曾上表给皇帝，其中有这样的话：“破贼须灭巢，除掉山林竹木，敌人就没有藏身之地了。好比小孩头上生了虱子，剃一个光头，虱子也就无所依附了。”他本来说的是比喻，光武帝览书后觉得马援所言有理，当场下令把宫中小黄门都剃成了光头。
马援回京时为了给皇帝送一份大礼，还将平叛时夺下的铜鼓重新熔铸成战马。由于马援本是相马大师，故此马铸得神骏无比，足以碾压武威出土的马踏龙雀。可惜此马没有保存下来。
对于此次南征大捷，刘秀