却说刘裕先平济，乃有定关洛之意，遇卢循侵逼，故寝不行。是时复集诸谋士商议经营天下。蒯恩曰：“北燕冯跋方强，宜先平之。”参军王镇恶曰：“蒯公之言，未尽其善；以愚意度之，今天下方有事，而冯跋坐保北燕之间，不敢展足，其无四方之志可知矣。姚氏据长安，带甲数十万，尚得民心。今闻姚兴身死，二子争位，正可攻之。舍此别伐，倘二子和睦，以守其城，则天下未定矣！今兄弟结冤，势不两立，可因此时提兵，先灭姚氏，再伺燕变而除之，则天下定矣！此机会不可失也！”刘裕大喜。是时刘穆之从外人，见众人共议，言曰：“明公与诸君谋征关洛，宜即起兵，使其无备，何故延也？”刘裕曰：“吾举义兵为天下除暴乱，旧乡人民死丧略尽，终日不见所识，使吾感伤；况且禾稼在田之时，不可扰动，权且议定，以待来春伐也。吾正欲问君可否！”穆之曰：“姚兴爱弼而又立泓，故弼今竭力相并，彼各有党羽，若击之则相救援，若缓之则争心生。不如以兵出屯界首休进，虚声伐魏，只说加戍保边，俟其变成，然后攻之，可一举而定矣。若待来年起兵，彼知有备，二子和睦，必难动遥”裕曰：“此计甚善。”
时朝士多言北伐之计，惟东海人徐羡之默然。裕问羡之曰：“卿何独不然？”羡之曰：“今四方已平，拓地万里，惟有小羌未定，明公寝食不安，何可轻预其议耳？”裕曰：“姚氏不小，岂可轻之？故宜早讨。”于是裕入朝见帝，戒严诸将伐秦。以刘穆之为左仆射，入居东府。
穆之内总朝政，外供军旅，决断如流，事无塞滞，求诉咨禀，盈阶满室。穆之目览耳听，手写笺书，寻览校定。而性奢豪，食必方丈，未尝独餐。尝白裕曰：“穆之家本贫贱，赡生多阙。自叨忝以来，朝夕所须，微为过丰，然此外一毫不以负公。”由是刘裕深相重之。
时宁州献琥珀枕于刘裕，裕以琥珀能治金疮，命碎之以赐从征将士。以世子义符为中军将军，监留府事。即命刘穆之领军司，入居东府，总摄内外，司马徐羡之副之。遂发建康，遣将军王镇恶、檀道济将步军，自淮、肥向许、洛；朱龄石、胡藩移阳城；沈渊子、傅泓之趋武关；沈林子、刘遵考将水军出石门，自汴入河；以王仲德督前锋，开渠入河。分拨已定，令依计而行。镇恶领命欲行，前将军刘穆之谓曰：“昔晋文王委蜀于邓艾，今刘公亦委卿以关中，卿其勉之！”镇恶曰：“吾等因托风云，并蒙拔擢，今此一行，正是效命之秋，如若咸阳不克，誓不济江！三秦既定，而公九锡不至，亦卿之责矣！”