思维病毒的来源和起因则是李恨水的发明，当年那个高才生即小点点的亲生父亲，有个“天才”儿子李恨水，和叶小云他们是一个学校。
他喜欢的女孩叫做沐雨雨，正是沐芸芸的双胞胎姐姐，与他父亲一样悲剧，沐雨雨喜欢的是叶小云。
李恨水一方面是在严苛的家庭环境中成长，自己的欲求各种不满，另一方面喜欢的人对自己不屑一顾，多重刺激加上他天才的头脑，让他制造出了思维机器。
该机器功能可以控制人的思维，他把叶小云的女友乔穆灵和另一名女生当做实验的对象，导致她们出现反常的情况和心理危机。
叶洛二人进行调查，发现李恨水的实验，而李恨水在一次实验中，出现了意外，自己变得异常并且失踪，思维机器也不翼而飞。
后他们得知，李恨水和小点点是兄妹关系，苏木轩则是他们的表哥。
思维病毒爆发后，叶小云等人并未感染。
众人被诓骗后进入米博士的实验室中，得知李恨水发明的“思维机器”可以指定对象并“控制思维”。米博士所在的一个白衣集团也在研发一种思维机器，白衣集团的幕后人是李恨水的爸爸李穆然；他们发明的“思维仪器”可以大面积“入侵思维”并让人产生幻象，但是难以控制被入侵者，即洛宇飞他们发现的人体思维实验项目。
当博士他们发现李恨水的机器可以达到他们的目的，于是盗取其机器，并进行了组合，成功实现了“思维控制机器”，同时发现了通过佩戴全金属头盔并全身穿黑色服饰可以有效地抵挡思维机器的入侵。
而就在博士等人很高兴实验成功之时，被实验者出现了怪异的行为，与之接触的人也同样出现了这种症状。
等到博士等人试图去阻止事态的发展的时候，可怕的事实已经发生了，“思维病毒”诞生了。
它正在不断地通过脑电波进行无序的传播，致使人们行为反常、动物称王称霸，博士实验的支持者李氏财团成立了白衣社，保护一些重要的人物。
米博士还告诉他们，叶父叶母也在被保护范围之内，但是在接送他们的过程中被不明人物袭击，失去了与叶父叶母的联系。
米博士不知道为什么几乎没有人能幸免于思维病毒的侵害、但叶等人没事，他们是否是服用或者使用了什么，让他们可以免于思维病毒的伤害。
叶等人基本上知道了真相，并且分析出当时由于他们都在李恨水的实验室触发