新罗王室的合作，率领唐罗联军攻破百济在熊津江口设立的大本营，“杀、溺死者万余人”。另一方面，面对军中、朝中渐起的撤军之声，他向全军分析形势指出，若现阶段唐军撤出战斗，则前人数征高句丽的努力将彻底白费。因为唐军一走，“百济余烬，不日更兴”，届时再想平百济、灭高句丽，可就难了。
平定百济、征伐高句丽是唐朝多年来坚持的军事方针，刘仁轨不想做历史的罪人，他觉得自己有义务坚守百济以待时机。
刘仁轨等待的“时机”，很快就自动送上门了。
眼见刘仁轨、刘仁愿的部队孤立无援，扶余丰璋及其手下鬼室福信、道琛等人决定再搞事情。由于先前吃过亏，他们这次不敢贸然出兵。扶余丰璋派使者到唐军中传话，声称以唐军现有的兵力，根本打不过倭国，还不如早早撤军西归，只要唐军回去，他们愿意敲锣打鼓、十里红毯相送。
这些话明显是为了气刘仁轨的，可刘仁轨见了使者后根本不生气，只说考虑考虑。
使者满意而回，刘仁轨的计划由此摆上台面。
趁着扶余丰璋、鬼室福信等人不备，刘仁轨当晚就带人偷袭了他们的营帐，逼得这位百济王子带着部属一口气跑出了两百里开外。之后唐军一路火花闪电，不仅打得百济残余势力抱头鼠窜，更是一举攻克了百济与新罗间的军事重镇真岘城(今韩国广域市西南)，“遂通新罗运粮之路”。
收到捷报的唐高宗乐坏了。龙朔三年(663)，鉴于唐军留守形势一片大好，唐高宗同意了刘仁轨的请求，让唐将孙仁师再率7000将士，分乘170艘舰船，进抵熊津增援刘仁轨。
刘仁轨料定，扶余丰璋打不过唐军，必然会向倭国求助，而倭国要与唐军交战，则必然会派出舰船与唐军在海上一决生死。这正是孙仁师率水军增援熊津的意义。
战局的发展，一如刘仁轨所料。扶余丰璋被唐军打怕后，其内部出现了严重的意见分歧和派系斗争。眼见复国无望，鬼室福信逐渐放弃复国的念头，他杀了对百济复国有崇高信仰的和尚道琛，走到了扶余丰璋的对立面。在内部斗争的过程中，鬼室福信被扶余丰璋以谋反的罪名剁成了肉酱。至此，鬼室福信死了，和尚道琛死了，百济复国运动的代表们，诸如黑齿常之、沙吒相如一看，扶余丰璋也不是什么明主。为了保住小命，他们率军投奔了刘仁轨，转头以唐将的身份协助刘仁轨、孙仁师讨平百济残余势力。
此时，俨然“光杆司令”的扶