起初，帝皇之子被称为第三军团，其新兵来自于神圣泰拉欧罗巴贵族家庭。
当时的欧罗巴贵族，将自己家族中最为优秀的年轻成员挑选出来，送给帝皇以表达他们被雷霆勇士击败
后对帝皇的致歉和敬意。
在欧罗巴贵族的带动下，其他贵族家族也纷纷把自己的孩子送到第三军团中去战斗。
据传，这是第三军团改名的来源，有帝皇的孩子之意，而在福根被找回后这个名字被再次确认。
和早期帝皇之子的一个区别是，统一战争时期的第三军团很愿意和普通的帝国军队合作甚至领导他们投入战斗，这在其他军团看来是一种值得鄙视的行为。
但对于这支“贵族军团”来说，领导“较弱”的部队似乎是一件理所应当的事情。
在原体和军团重新统一前，第三军团就以高效率的执行任务并往往能超出帝皇的期望而闻名。
大远征时期，第三军团经常被帝皇派去派去执行外交以及保护秘密大使的人物，并被有些人称之为帝皇的使者。
第三军团将他们的盔甲涂成紫色，以此象征他们的任务，并饰以雷电和烈日图案。
在一次某星球归顺帝皇的仪式中，帝皇和第三军团遭到了叛乱分子的攻击，第三军团xvi部队的星际战士为了保护帝皇被旋涡武器重创而牺牲。
之后帝皇将双头鹰授予第三军团作为对他们的忠诚的嘉奖。
尽管第三军团声名显赫，但在收复月球和与火星签订契约后，第三军团遭到了灭顶之灾：大量的基因种子在运往月球的途中因不明原因丢失，而且之后人们发现地球上的第三军团基因种子库遭到了月球基因教派的残留分子的破坏和污染。
这一切，导致第三军团爆发了枯萎病，患病的士兵的器官开始出现萎缩化，并最终一一死去。
直到基因原体福根回归军团，这一可悲状况才被终止，但军团数量已经严重退化，必须在影月苍狼军团的庇佑下活动。
也正是因为这个原因，福根与他的兄长荷鲁斯建立了亲密无间的关系。
当荷鲁斯宣布叛乱时，福根便很快被诱惑参与其中，成为了最早一批叛乱的军团，他们首先在伊斯特万三号上对军团的忠诚派
进行了残酷的清洗，随后又在伊斯塔万五号上参与毁灭三个忠诚军团。
堕落的基因原体福根本人，更是在伊斯特万五号上犯下弑亲重罪，斩首了