司武官阳奉阴违，唯陕西都指挥使曹文诏、河中都指挥使曹变蛟几人请命平叛。
冬月初二，孙传庭乞请统兵平叛，朱常清准允。
消息传出，地方震动不已，孙传庭也成为自王守仁后，第一个统军文臣。
冬月十四，王崇明攻掠贵州全境，麾下兵卒虽不愿叛乱，但木已成舟，而逃兵基本被处于枪决，故此无人敢不听调令。
冬月十七，孙传庭率燕山卫、吉林卫赶赴重庆，于宴席间杀四川、湖广都指挥使左良玉、贺人龙。
冬月二十，孙传庭统帅湖广、四川等地兵马围剿王崇明，两军交战于播州，孙传庭令空军投放招安告示。
彼时王崇明麾下兵卒本不愿作乱。眼见朝廷既往不咎，纷纷临阵倒戈。
孙传庭见状，重兵压上，于播州海龙关大破王崇明，击毙顽抗者一千六百余人，招抚叛军三万八千余人，王崇明死于轰炸中。
腊月初二，孙传庭收复贵州全境，向老挝进兵。
腊月初五，孙传庭率兵抵达普洱府，老挝都指挥使李邦彦被其部下击毙，老挝叛军投降。
对于叛乱的武官，孙传庭将其一并处死，中下层的军官和士兵则依旧任职。
隆庆十年二月，孙传庭平叛归来，时卫王朱载堼攻城掠地北洲二十四府沦陷八府。
北洲都指挥使郑芝龙本在观望，得知王崇明、李邦彦叛乱被平，遂出兵与朱载堼交战。
双方交战于玉河(密西西比河)，拥有海陆空军的郑芝龙却被朱载堼击败，幸亏其子郑森率兵抵达战场，击退了朱载堼的进攻，掩护中弹的郑芝龙撤退。
二月十八日，郑芝龙伤重去世。
朱常清本欲调动西军前往北洲平叛，兵部尚书袁可立却认为郑芝龙兵败身死，郑森年纪虽幼，但刚刚没了生父，恐怕与叛军死战，所以建议让郑森接任北洲都指挥使之职位。
如袁可立预料一般，郑森接任北洲都指挥使之职后，重新募兵备战，并于白水河击败朱载堼，连克十二城。
北洲布政使张煌言率兵马司突袭朝歌府，生擒卫王亲眷，卫王朱载堼率军投降。
战后，朱常清令孙传庭继续京察，并削北洲诸藩所有护卫，每府仅保留三百人。
隆庆十年三月初八，朱翊釴驾崩于乾清宫，享年八十岁，太子朱常清即大位，并为大行皇帝朱翊釴上庙号穆宗，谥号契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝