则根据日东月西，坎离对称的原则，设置配殿供奉诸神。
以云天观的建筑体量而言，只算得上是个小型道观，各建筑虽遵从坐北朝南的卦位设立，可在布局上却不拘一格，反而是顺延着舜源峰的山势走向，自下而上，自西而东，以北斗七星的方位设立诸殿，如此更贴近天人之说，寓意顺应天道，得道升仙。
三眼能观天下事，一鞭惊醒世间人。
为云天观镇守山门的护法神倒没有另请高明，仍由“王灵官”镇守，因而山门瑶光殿亦为灵官殿。
瑶光殿之后便是开阳殿，开阳殿中奉祀太乙救苦天尊，寓意在世行善，救人于苦难。
那些为数不多的云天观信众，多是受惠下山子弟授予的丹药，有心者，上山后，多在此殿中还愿，因来者多为寻常百姓，为免其旅途奔波，辛苦劳累，遂在之后，另兴土木，设立客居之所于开阳殿旁，留宿来访之客。
玉衡殿为寻常道观中所称呼的娘娘殿，供奉有眼光娘娘、耳宫娘娘、送子娘娘，寓意化人间不可化之事，解人间不可解之难，亦有不少信众会至此，求取安胎保子之丹药。
天权殿，居于七星之中，在云天观上亦为掌管运势的斗姆殿，云天观中每每有重大事宜，观主定会携众长老在此询问上天之意作参。
天玑殿为主神殿，供奉丹道上的太上始祖，太上老君。
天权、天玑二殿，是为云天观的大脑中枢，观中诸事，均由观主召集观众在此二殿上做定夺，观中弟子修习每日功课，观中接待观外来客等事项，亦在此二殿中完成。
若说天权、天玑二殿为云天观的枢纽中心，那么天璇、天枢二殿便代表着云天观的底蕴和传承。
所谓“除病解危千金仙方普受惠，坐虎针龙广施兹悯救众生”，天璇殿又名药王殿，在一般道观中，信众在此祈求身体健康，无病无灾，而对于专注于丹药之道上的云天观来说，人本身是无法得道成仙的，要唯有吸纳天地精华，改善自身体质，再有适当的功法相辅，方才能堪破天道。
天璇殿藏有云天观十之七八的丹药丹方，可谓是云天观的心脏所在了，人若丢了心，那人便不成人，天璇殿有失，那云天观和普通道观也再无异同了。
故而，天璇殿于云天观的重要性不言而喻，不论春夏秋冬，白昼黑夜，必当有四位弟子轮值把守于此。
天枢殿供奉的并非寻常道观的三官大帝，而是创立云天观的历史先驱。