有舞弊行为，但此时的朱元璋已经盛怒，根本不相信二位主考官言语，当即命令侍卫把宋濂和全部考官集中到国子监等候处置，同时命侍卫把丞相李善长也送回家监视起来。
为安抚考生避免流言蜚语，同时为了查明此次恩科有无作弊行为，朱元璋命人把所有考生的姓名、籍贯和年龄遮住，当场令在朝官员把所有考生的试卷重新审阅，大家分别推荐出自己认为优秀的考卷，以此断定宋濂和李善长有没有徇私枉法，做出有损恩科威严的事情来。
好在众位大臣经过一天不吃不喝的奋战，终于全部选出自己认可的答卷并呈交给皇帝，经对比后发现众大臣所选之卷与宋濂和李善长所选之卷并没有什么不同，这才消除了对其二位的怀疑。可为什么淮北学子没有一个入榜呢？
此时如何向北方士子交代，如何向天下人交代成了他的一大难题，如果处理得稍有不慎，就会失去北方民心，如何能够挽回北方士子人心，又能愉快的处理此次事件呢。
这一晚朱元璋进入到马皇后房间，马皇后一向聪明贤德，皇后迟疑下说到：建议特设恩科北场，把理由都给朱元璋写好了，是因北方初定，很多学子还来不及准备恩科考试，还有部分学子因北方山路崎岖，而且距离南京较远未能及时赶上，应北方士子所请，特赦北方考场，以姿勉励。
朱元璋听后说到此计甚妙啊，主动让利于北方士子，解决在南京城内目前北方学子不满的状态，又能赢得北方士子的人心，还能为国举才，使北方疆土稳定，可谓一箭三雕。
朱元璋当即同意，北方学子在选出三十六名进士，同南方三十六名进士同场竞技选出前三甲，于是洪武初年这场高潮迭起的科场舞弊案以一箭三雕的形式结束了，可谓精妙绝伦。
其实北方学子没有在三十六名进士的名单上确实是有很大可能的，首先考生比例就不同，北方学子到达南京的不到100人，而且是长途跋涉，而南方学子则是主场考试，北方经过多年战乱在洪武初年残元势力仍然盘踞在北方，社会的不稳定性造成了士子很少有学习的机会。
而南方则常年属于割据势力的范畴，各个军阀常年招贤纳士，注重培养人才，与民休养生息，特别是安徽，浙江，江苏一带，朱元璋的九字方针：高筑墙，广积粮，缓称王，让这些地方常年处于和平状态，百姓安居乐业，好的生存环境就会出现大批优秀士子。
九字方针由元末人朱升提出，是朱元璋的理论根基。
而在北方科