朱元璋为什么对海外南宋遗民有偏见？这与朱元璋在江南打天下的经历有关。当时在长江流域及江南地区与朱元璋争天下的有：盘踞四川地区的明玉珍；割据湖北、湖南和江西等地区的陈友谅；割据江苏北部及长江海口地区的张士诚；占据江浙沿海地区的方国珍，还有占据福建的陈友定。
明玉珍与朱元璋同属白莲教，出身红巾军，方国珍在四川称王后，与朱元璋交好共同对付陈友谅。
陈友谅也属于白莲教，也出身红巾军，陈友谅是朱元璋的死敌，是朱元璋争夺天下的最强对手。
张士诚不属于白莲教和红巾军，此人出身蒙汉官宦家庭，在元末农民起义运动中他纠集几千乡勇，起兵反元，后被元朝招安，又反元，经常反复无常，于是元朝联合方国珍将张士诚消灭了。
方国珍是贩盐浮海之徒(古代只有官府才能做盐铁买卖，私人买卖盐铁属于犯法，必须重判；浮海就是干走私、海盗之类的事情)，方国珍因为生意多次被元朝朝廷通缉，可见方国珍的生意做得很大。白莲教红巾军在北方起义后，方国珍纠集手下上万人起义反元，后被元朝招安，被元朝封为江浙行省参政，后又被元朝升任为江浙行省左氶相，封衢国公，管辖浙江和福建等东南沿海地区。
同时，方国珍交好朱元璋和陈友定，他接受朱元璋给他的福建行省平章的官职，朱元璋的意思是让方国珍把江浙行省让给自己，让方国珍去攻打陈友定，但是方国珍故意不懂朱元璋的意思，与陈友定缔结同盟，并资助陈友定出兵占领潮州和广州等岭南沿海地区。方国珍富可敌国，但是他从来没给过朱元璋任何帮助。
朱元璋平定江南时，为了避免被朱元璋清算，方国珍将全部财产、家属、族亲、幕僚、门客，以及十几万家兵和民众转移到日本和吕宋岛等地，而方国珍带着几个老弱家奴去南京投降朱元璋。
方国珍的此番操作被朱元璋看得一清二楚，朱元璋被此事气得吐血，但是不得不给方国珍封一个广西行省左丞的闲职，让他留居京师(今南京)，将他养起来。几年后即1374年，方国珍在京师病死，在朱元璋的竞争对手中，方国珍是唯一个得到善终的人，但他也朱元璋最愤恨的人。
方国珍的人品和行为，让朱元璋对沿海商人、海外移民等非常反感，朱元璋认为海外华人与沿海商人勾结，损害国家利益，导致国家金银货币流失海外，造成人民贫穷，国家经济崩溃。
根据史料记载，元末农民起义，中国各地动