地盘和人口的扩张，以及面临的形势日益复杂，梁山军队也迎来了新一轮的扩编和整肃。在王伦和林冲的主持下，梁山军事架构进行了调整和明确：
梁山兵马总管：林冲，节制步、骑、水三军日常训练与作战。
步军营：
统领：鲁智深、武松
麾下指挥使：燕顺、王英、郑天寿、雷横(驻守郓城)、李逵、魏定国、单廷珪
兵力：精锐战兵已达十个营，满编一万人。
骑兵营：
统领：杨志、花荣
麾下指挥使：黄信(驻守郓城)、韩韬、彭玘、段景住、关胜、徐宁、宣赞
兵力：拥有战马三千匹，骑兵五千人。
水军营：
统领：阮小五、阮小七
麾下指挥使：孟康(负责造船)、费保、倪云、张横
兵力：各类战船、运输船数百艘，水军五千人。
特战营(直属王伦)：
统领：张顺、石秀
麾下指挥使：薛永、童威、童猛、杨林
兵力：精锐斥候、渗透、突击力量两千人。
此外，尚有凌振的火器营、朱贵的谛听营等专业部队。
至此，梁山总兵力已超过两万二千人，且装备精良，训练有素，士气高昂，已成为一支任何人都不敢小觑的强大武装力量。
就在梁山上下忙于消化新得之地、整军经武之际，派往外界的戴宗和石秀，风尘仆仆地返回了梁山，并且，他们还带来了一位特殊的客人——江南明教教主，“圣公”方腊派来的使者。
使者的到来，如同一块巨石投入平静的湖面，预示着天下的格局，将因梁山与江南这两大反宋势力的接触，而掀起新的、更大的波澜。聚义厅内，王伦看着下方那位气质与其他绿林好汉截然不同的江南使者，目光深邃，他知道，一个新的篇章，即将开启。