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大玄军制脱胎于前朝，前朝大魏的军制分为卫所和营兵。
卫所的兵士有军籍，世袭为军，平时屯田或驻防，有些像世兵制，又与府兵制相似。
营兵并非世袭，而是实行募兵制。
自大魏世宗皇帝以来，因为卫所制日益废弛的缘故，募兵制开始成为兵力的重要来源，有名的精兵都是良家子从军，招募而来的士兵不会终身从军，这便是营兵。
正因为如此，卫所和营兵有两套截然不同的官职。
卫所是都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事、指挥使、指挥同知、指挥佥事、千户、百户、总旗、小旗。
营兵则是提督军务总兵官、总兵官、协守副总兵官、参将、游击、守备、千总、把总、哨官、队长、什长。
若是几个总兵官协同作战，朝廷会派出一位总督居中调度，又称经略或者督师。
若是武官独当一面，则会派一名五军都督府的都督，挂大将军印。大魏律制，有事征伐，则命都督佩印以往，旋师则上交所佩印于朝，大将军印有三，分别是：征虏大将军、平虏大将军、镇朔大将军。
待到大玄取代大魏，废黜了五军都督府和大部分卫所，只剩下青鸾卫，所以青鸾卫仍旧延续卫所官制，以指挥使为主官。
卫所制度分为都、卫、所三级。
都指挥使司简称都司，最高长官为“都指挥使”，正二品，隶属于五军都督府。
都指挥使司下面设卫，长官为“卫指挥使”，卫下面是千户所和百户所。
皇帝亲军上二十二卫，称“亲军指挥使司”，不隶都司和五军都督府。
换而言之，“卫”正常上面是“都”，但青鸾卫的全称是“青鸾卫亲军指挥使司”，是直接隶属于皇帝，所以没有上面的“都”，自然也没有“都指挥使”，只有“卫指挥使”，简称指挥使，正三品。
在前朝时，皇帝多半会以都督、都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事兼任青鸾卫指挥使，使其成为一品、二品的公卿重臣。只是本朝已无五军都督府和都司，故而青鸾卫的主官最高只能到正三品，权重却位卑。
世人口中的“黑衣人”则是营兵，实行另一套官制。
其实最早时候，指挥使镇守地方，总兵官是为临时职务，是大军出征时的最高统帅。待到后来，卫所制度开始崩溃，总兵官成为地方驻守最高武官，取代了指挥使的职能。