奇太妃在西苑百禄宫殿顶塌陷中罹难，在朝廷中引起轩然大波。朱衡当日跪在百禄宫门外，未获太后和皇帝召见。
张居正面圣后，让朱衡自行回部，自请处分。朱衡性格强硬，常与张居正相争，不为张居正所喜。万历元年，杨博辞吏部尚书，葛守礼和朱衡一主一副，拟于廷推时夺得此位，却被张居正联合王瀚击败。
此次西苑修造腐败案发，张居正欲借此机会，将朱衡赶出朝廷。因此在面见朱翊钧时，无一句缓颊之语。
朱衡擅长水利，但其观点长期与治河专家潘季驯不合。嘉靖四十五年、隆庆元年两次在治理黄河事务上，与潘季驯水火不容。
潘季驯的治河理念为“束水攻沙”和“蓄清刷浑”，以清竣河道，根治漕运壅塞为主；朱衡的理念为“改旧为新”，以新开河道，力保漕运为主。
两人在治河理念上的龌龊，逐渐演化为互相攻讦，并分头向朝廷上报自己的治河方案。朱衡连续两次在朝廷中把潘季驯击败，获得治河的主导权，并因治河保漕之功升工部尚书，潘季驯作为朱衡的副手，也跟着升了级，后来丁忧回家。
隆庆四年，黄河决于邳州、睢宁，潘季驯丁忧起复后总理河道，堵住了缺口。朝廷尚未赏功，因运输船只漂没事故，被勘河给事中雒遵弹劾罢官。
在隆庆初期，张居正曾经支持朱衡的治河理念。但隆庆四年的黄河大决口，大大动摇了张居正。
此后几年，因朱衡在朝中多次与他唱反调，张居正在万历元年初期又向潘季驯伸出援手，拟起复潘季驯总理河道，被朱衡杯葛而失败。
朱翊钧逐步掌权后，张居正向朱翊钧推荐了潘季驯。后世之历史爱好者，还有不知道潘季驯鼎鼎大名的吗？朱翊钧本拟立即启用潘季驯，但又改了主意。
他嘱咐张居正拨朱时泰贿银五千，令潘季驯组织团队，在黄河、淮河和运河整个流域进行调研，通盘考虑治黄、治淮、保运、保祖陵、保民生五个方面，并拿出全面的治理方案。凝萃殿案发时，潘季驯还在泗州洪泽湖附近调研呢。
西苑腐败案发，朝中科道群起而攻朱衡，张居正也无保衡之心，他不安其位，于万历二年四月初连续上书请辞，朱翊钧未按惯例加官，也未准驰驿，直接罢其官。
朱衡收拾行囊，灰溜溜的离开了京师，户部侍郎郭朝宾接工部尚书。
西苑腐败案造成太妃薨逝，震动京师。朝廷为平息舆论，免尚书、并判工部员外郎杨松绞刑。工部涉案的官员、差役四十多人三司会审后，一体被判斩首、抄家，其余三十多人抄家、流放。
因直殿监少监王利受贿，致主上安危于不顾。东厂取得口供第三天，朱翊钧未经三司会审，直接判其剐刑，并