就在同一日的白天。
城都地区的南方海域中，水之都“奥多马雷”。
它被誉为世界上最美丽的城市。城市之中，有着著名的建筑“大圣堂”以及“太阳之塔”。
这建筑，是人们怀着感恩传说宝可梦守护了城市的心，而建造的。
而在这里，在城都地区旅行的小智，为了参加一年一度的宝可梦水上竞赛而来到奥多马雷，于是，遇见了拥有神奇招式的宝可梦，拉帝亚斯和拉帝欧斯。
拉帝欧斯是哥哥，拥有如天空和海一般的蓝色。
拉帝亚斯是妹妹，拥有比夕阳更浓郁的火红色。
它们彼此感情深厚，共同守护着城市的宝物“心之水滴”。
然而，怪盗姐妹桑娜和莉安盯上了这件宝物。
为了得到心之水滴，她们盯上了水都的双子。
拉帝亚斯会幻化成名为卡侬的绘画少女，在奥多马雷的街头玩耍与漫步。在某个有着水龙头的小广场中，小智和皮卡丘，与拉帝亚斯幻化的“谜之少女”相遇了。
伴随着悠扬的手风琴音，谜之少女走入了错综复杂，又横亘交错的城市街道中，那宛如迷宫一样的城市中。
而来自外界的女盗贼，用类似西尔佛检视镜的装置，看穿了少女的伪装，她们试图抓住少女并逼迫她交出心之水滴。
而在这关键的时候，小智与皮卡丘穿越了迷宫，如命运般的邂逅，来到了陷入危机的少女面前，并将她从危机的环境中救出。
从那个时候，谜之少女便记住了这位带着皮卡丘的少年。
三人来到了大圣堂，但是小智并不知道女贼的监视器已经盯上他了。进入圣堂，他们遇到了博物馆的导游本葛雷先生。
忽然，小智注意到二楼有位少女正在收拾画具，那正是刚才的少女！
小智决定一探究竟，他对小霞和小刚说有事情让他们在宝可梦中心等他，跑出博物馆，在看到少女之后他和皮卡丘追过去，此时飞行监视器跟上了小智。
循着少女的脚步，少年开始不顾一切的奔跑，跑出教堂，跑过桥梁，跑过若干条街道。
在一座桥边，小智叫住了对面的少女，问她刚才为什么什么也没说就跑掉了，但少女却不知道他在说些什么。
少年也同样不解，于是带着皮卡丘继续前进着，迷失在了城市的十字路口。
正当他不知该向何处寻找时。