当时著名中医学家恽铁樵，在其著作群经见智录中专门撰文批判了余云岫的观点。
王玉川教授的老师，陆渊雷也不甘示弱，在报纸上与其针锋相对。
这一次，余云岫开始在反中医战线上崭露头角。
这事儿因为他影响力不够，宣告破产。
随后他又像是转了性子。
1925年，余云岫受邀参加远东热带病学会议。
在会上，他以实际案例证明中医在某些疾病的诊断和治疗方面具有独特优势。
指出，唐代医书崔氏别录中关于瘰疬与肺痨的记载，比西方医学早了一千多年，这一观点引起了与会专家的极大兴趣。
这时候他像是重新认可的中医。
但是在同年，中国教育界先后在长沙、太原召开会议，通过了相关议案，决定将中医纳入学校体制中。
此事报请教育部批准时，余云岫却突然杀出，联合多人上书教育部，坚决抵制。
当时教育部以此为借口，断然拒绝了中医进入大学学科体系的要求。
中医界多年努力功亏一篑，此后中西医界之关系迅速恶化，两大阵营间水火之势渐成。
真正让他为众人所熟知的，是在几年后的一次会议上。
民国十八年召开第一届中央卫生委员会会议，在会议前，余云岫就起草了废止旧医以扫除卫生事业障碍案。
余云岫对废止中医之理由、原则及具体办法作了明确规定，他认为中医在卫生行政上毫无地位，应当立即废止。
其举出四条废止的理由，这四条理由余氏之结论为：“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不向上，卫生行政一日不能进展。”
大会上当时在场讨论了这一议题，除医学外行次长和两个参事抱有怀疑态度外，其余人员更是满场一致通过。
值得一提的是，此次会议上没有一个中医人士参加。
随后在2月26号沪上新闻报首先将此事公之于众，几天后，余云岫主编的社会医报出版中央卫生委员会特刊公布。
此案一出，各界震动。
当时全国中医人士哗然而起，群情激愤。
无数南北中医世家，众多中医馆医师，或走上街头抗议，或来到报社前静坐。
有名的中医，还有社会各界人士，都开始陆续在报纸上为中医发声。