黄帝内经是中医奠基之作，书中对中医基础理论做了详细论述。祝由在上古之时经常运用，因为“内无眷暮之累，外无伸官之形，此恬淡之世，邪不能深入也”，因此采用祝由的方式治疗效果十分显著。
魏晋时期，道教兴盛。从东汉末年张角以道起家，走向了农民起义的道路，将道教的思想广播天下。葛玄、葛洪爷孙俩、陶弘景都是有名的修道之士，葛玄人称葛天师，葛洪著有肘后备急方，人称小仙翁。陶弘景更是有山中宰相之称。
正是有了这些有名的修道之士，借助强大的民间基础，祝由术开始走向民间，与道教文化结合，被学道之士所用。
道教引入祝由术后，加入了符水、桃木剑等道具。并且许多道士都精通医术，在保养生命、强身健体、诊治疾病方面都有很深的造诣。
经过南北朝、隋唐、五代十国数百年的发展，到了宋代，国家将中医分为十三科，而祝由术便为其中一科，后元明基本相类似，明代前期十三科分为：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼科、口齿、咽喉、接骨、伤寒、金镞、按摩、祝由。祝由位列第十三位，故又称为“祝由十三科”。
到了清朝时，出于种种原因，祝由术在官方机构濒临失传，仅在民间兴盛。这是社会因素的影响，就连针灸也一度衰落，因为当时社会上层认为拿针在身上扎来扎去，非常不符合礼仪，于是渐渐弃之不用，专用汤药。