一部分人，归入军籍，分驻在各地卫所之中，保卫边疆，镇压地方。
军籍与民籍是平行关系，军籍归属于五军都督府管理，民籍归属于户部。
军与兵，也完全不同。
军存在着世袭性，是固定的，只要你是军，那你一家人，以后都需要充军，住在卫所之中。
若你不幸为国捐躯，那也没事，看看你有儿子没有，没有儿子，就找你哥哥，这都没有，就找你表哥，总要找个人接替你。
如果是悲惨世界，你这一系全家都没了，那也有办法，看看你原来籍贯哪里，去找你的族人，勾选一族，搬过来继续充军。
而兵，则是自愿性质的，是临时招募的，而并非朝廷经制之军，一没定额，二没固定的戍边地，三和子孙职业选择没关系。
在明代初期，军费在朝廷财政中的支出占比是很低的，每年两百万石养三百万兵足够了，甚至在很多时候，军费可以说是“自给自足”的。
这也与卫所制度有关，卫所的军，只能说是军与农的合体，打仗的时候就是军，不打仗的时候，那就是农，需要开荒，需要种地。
这边收着庄稼，手舞镰刀，那边烽火传讯，就可以马上换上盔甲，抄起钢刀杀敌。
如果军屯的收成不够军队开支，那就让商人雇人去边塞开垦，通过开垦出来的庄稼，来换取朝廷盐引，这样一来，商人与边军便实现了双赢。
看似美好的存在，在经过洪武的风雨之后，已开始显现出其问题，卫所废弛与崩溃的迹象，越来越明显。
而军农合一的方式，已严重妨碍了军队的训练。
试想，一个集体下地务农的军队，又能有多少时间训练？又能掌握多少的杀敌技？
卫所制不改，新军之策，难行！