通过上次的驱逐李选侍一事，杨涟和左光斗现在已经摇身一变成为朝臣领袖，而且名声也变得十分响亮。天下无人不知是杨涟和左光斗一片孤忠，并串联忠心耿耿的太监王安，才挽救了大明社稷。
“浮丘不可如此。“现在方从哲虽然不想和杨涟争锋，但他实在也看不下这种欺负寡母孤女的行径，于是就苦口婆心地劝说道：“圣母(天启皇帝的生母)当年为才人时，选侍不过是一个年方十五的东宫婢女，若说一个十五岁的卑微婢女竟敢当着先帝的面殴打圣母，这这怎么可能呢？而且把后宫之事诏告天下，也会有伤先帝之德啊。“
“吾辈是朝廷直臣，所图不过仗节直谏。“左光斗重重地横了方从哲一眼，突然脸上露出了恍然大悟的神色，“我想起来了，是方大人你推荐的贼臣李可灼逆臣，我和你势不两立！“
东林党随后便弹劾内阁首辅方从哲谋逆、弑君，有十大罪、三当诛。方从哲被这一招吓得不轻，连忙称病不出，一连六次上表乞求退休。王安这个司礼监秉笔于是披红批准，曰可。
内阁首辅方从哲因涉嫌谋逆致仕(退休)后，东林党推举东林老宗师叶向高组阁，司礼监秉笔王安立刻披红批准。叶向高抵达京师后，和老友张鹤鸣等人携手组建了清一色的东林党内阁和六部。一个月前还不过是六品给事中的杨涟，因为在红丸、移宫两案中表现突出，一时风头无两，也升任左都御史兼工部尚书。
同时，在司礼监秉笔太监王安和东林党的催促下，天启诏告天下，宣布他生母王才人是被李选侍殴打致死的，而且李选侍一贯殴打自己和皇弟、皇妹。天启皇帝宣称，这次移宫案件完全起于李选侍意图谋逆，幸亏东林诸君子擎天保驾，方保住了大明的社稷。
现年不过十六岁的天启皇帝虽然一时妥协，但东林党似乎没有想到，皇帝有一天会长大。而且王安也不可能永远掌握司礼监，即使有外廷的支持，皇帝仍然可以轻易地从太监手中拿回自己的权柄。而一旦到了那个时候，只要天启皇帝不是一个像他父亲那样懦弱的天子，他还是可能会为今日的屈辱而报复的。
数年后，正是利用天启皇帝今日压下的愤怒，太监魏忠贤达到了他的目的，并几乎给东林党带来灭顶之灾。
天启年幼的弟弟后来继位当了崇祯皇帝，虽然给东林党的左光斗、杨涟平反了，但他对今天东林党的所作所为也仍然是不满意的。崇祯曾在召见周延儒时谈到了自己对以上三案的亲身体会：“此三事皆非。梃击一案，实系风