交锋势必将成为捍卫学院的斗争。
然而，这种交锋并没有变成一场正面对决。教会对学院的强大影响力，的确给学院造成了不少困难，但宗教势力反对进化论的态度其实并非始终如一，在正统与异端之间有着很大一片模糊地带。教会态度的模糊是很多方面的因素造成的。美国原本就没有统一的基督教会，各派别对进化论的接受程度不一样；不同学院和教会的紧密程度也不一样；此外，教会的态度也取决于学者或校长捍卫学术声誉的决心和能力。在这种捉摸不定的环境下，学者们往往搞不清学术的安全界限和正统观念的范围在哪儿，总是“不小心”就越过了界限，结果是许多温和的进化论者反而率先沦为牺牲者。我们先来看看最保守的神学院中的情况。1857年，南卡罗来纳州的哥伦比亚长老会神学院聘用了保守的詹姆斯伍德罗，出任自然科学教授一职。
这位伍德罗教授始终致力于调和科学与神学之间的矛盾，但进化论的出现却使他的工作陷入困境。董事会开始怀疑伍德罗接受了进化论思想，于是要求其公开阐述立场。尽管伍德罗巧妙地使用圣经打消了董事会的疑虑，但教会还是抓住了他论述上的一个微小“漏洞”，并迫使董事会将其辞退。教会给出的解释是伍德罗的解释虽然不违背圣经，但与长老会的解释相抵触。当然，伍德罗的事件仅表明了，当时最保守的神学院对新思想的恐惧。相比之下，在更开明的东部学院里，科学和宗教之间的关系则要和谐很多，进化论的思想也更容易被学院接受。在1880年的耶鲁大学教师名单中，就有好几位是进化论者；而同时期的哈佛大学，在校长查尔斯艾略特的带领下，正在成为进化论的大本营。
但实际上，即使是在这些学校中也存在一个思想冲突的领域。尽管这个领域也同样模糊，但学院的牧师院长们却一直在努力维持着这之间的界限。一旦冲突发生，他们就宣布：“进化论到此为止。”
可人为的控制并不奏效，一旦允许进化论进入大学，此后就很难对其进行封锁和禁止。19世纪末发生在耶鲁大学的波特—萨姆纳事件就是明证。
波特是耶鲁大学校长，他曾在1872年不顾宗教势力反对聘用了“离经叛道”的萨姆纳教授。但是在1879年，波特要求萨姆纳放弃使用英国思想家斯宾塞的社会学研究作为教科书，引发双方冲突。
斯宾塞将进化论引入对人类社会研究，开创了所谓的“社会达尔文主义”。波特不反对在自然科学领域讲授进化论，但反对社会学领域内的进
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