“党同伐异“，谁要是跟他们意见不一样立马就给扣上一顶“奸臣“、“小人“的帽子，长此以往朝廷上下人人自危谁还敢说真话?崇祯年间有个叫黄道周的大臣本来是个正直的人，可他因为反对东林党的一些做法，就被扣上了“阉党余孽“的帽子，结果这位忠臣被迫离开朝廷最后郁郁而终。这帮人整天叽叽歪歪可真到了该他们出力的时候又缩得比谁都快，崇祯十七年李自成兵临城下，东林党的大佬们都干嘛去了?要么逃之夭夭要么投降敌人，那些平日里高喊“君父“的东林党人，这会儿怎么不见人影了?东林党人就是一帮只会耍嘴皮子的“键盘侠“，他们整天标榜自己多么清高多么爱国，可真到了国家危难之际他们除了逃跑就是投降，这样的人有什么资格称自己为忠臣良将?东林党人的另一个致命弱点就是他们对实际国情的认识严重脱节，这帮人整天在书斋里读圣贤书高谈阔论，对国家面临的真实困境却一无所知。
农民起义中东林党人总是把农民起义简单地归结为“流寇作乱“，认为只要严惩不贷就能平息，他们根本不去思考为什么会有这么多农民揭竿而起，其实这背后反映的是深层次的社会矛盾和经济问题，可东林党人对此视而不见只会喊打喊杀。崇祯年间农民起义此起彼伏，东林党人的对策是加派军队加重税收结果适得其反，税收加重农民更加不堪重负;军队增加却无钱粮可发，这不是抱薪救火吗?东林党人总是标榜“攘外必先安内“认为只要内部安定了，外患自然就会消除，这种想法简直是天真得可笑!明朝后期，满清已经成长为一支强大的军事力量，如果不积极备战光靠“安内“能解决问题吗?
结果在东林党人的影响下朝廷对边防的投入越来越少，到崇祯年间连军饷都发不出来了，你说这仗怎么打?这种做法导致的结果就是朝廷上下人人自危谁也不敢担当，有能力的人不敢施，怕被扣上“奸臣“的帽子，没能力的人反而大行其道，因为他们善于溜须拍马迎合东林党人的口味。崇祯皇帝在位期间换了将近50个内阁大臣，很多时候一个大臣刚刚熟悉业务还没来得及做点事，就被东林党人告倒了，这不是在耽误国家大事吗?