织结构是对镰仓幕府的组织结构的继承和发展。
可以从中央和地方两个层面说明室町幕府的组织结构。
管领，事情无论大小都可以过问。
在足利氏草创的时候称作执事。
贞治元年(1362年)七月，斯波义将任执事时改称管领。
室町时代，管领主要负责管理庶务，相当于镰仓时代的执权，亦相当于德川幕府时期的大老或老中。
——大老地位在老中之上，是临时性的最高职位。
——老中，德川幕府的官职，职位大致和镰仓幕府的“连署”、室町幕府的“管领”相当，是征夷大将军直属的官员，负责统领全国政务。
后来，管领让代官管理实际业务，称为管领代。
评定众，从镰仓时代的政所中分离出来，成为室町幕府的高级顾问。
除了直属足利氏一族的家族，其他家族需要经过引付众这个阶段才有机会担任评定众。
引付众的职责是辅佐评定众。
除此之外，引付众还掌管诉讼、赏赐等事宜，很多引付众还兼任奉行之职。
镰仓时代的政所负责立法、行政、财政、税赋、徭役，并处理征夷大将军家族的事务。
政所长官为执事，忙的时候则设立执事代。
足利义满任征夷大将军时，伊势贞继任执事，伊势贞继的子孙世袭执事这一职位。
室町时代，立法和行政权力归属管领。
镰仓时代的问注所是政所的附属机构，掌管诉讼事宜。
室町时代的问注所职能发生变化，负责掌管并鉴定记录、文书、凭证、证据。
太田氏、町野氏深谙法制，世袭问注所执事和副执事职位，列席政务的评定。
后续则和镰仓时代相同，室町时代侍所的职能是守卫皇宫和幕府，同时负责警务和刑罚事宜。
发生战事的话，侍所就担负起管理，统率军队的职责，神篱直人便担任其中一位侍将。
因此，侍所掌管军国大事，非常有势力。
侍所的长官称所司。
赤松、一色、山名、京极、产屋敷五个家族称五职，负责侍所事宜。