年十月，即于两江，开科取士。
左宗棠甫回杭州，即将曾国藩裁军一事，传告蒋益澧、杨昌濬、刘典等。
蒋益澧道：金陵城破，曾氏盆满钵盈，见好即收，果真一把好算盘。
杨昌濬道：敢问左帅，湖州破后，吾军是否亦要裁撤？
左宗棠道：涤老相于兵机每苦钝滞，昨日议论多有不和。只因大局所在，不能不勉为将顺。然伪幼主确在湖州，吾若不疏，亦乃欺君也。
1864年8月7日，宗棠上奏曰：昨接孝丰守军飞报，据金陵逃出难民供，伪幼主于六月二十一日由东坝逃至广德，二十六日，堵逆黄文金迎其入湖州府城。
查湖郡守贼黄文金、杨辅清、李远继等，皆积年逋寇，贼数之多，约计尚十余万，此次互相勾结，本有拼命相持之意，兹复借伪幼主为名，号召贼党，则其势不遽他窜可知。
慈禧太后接奏，喜泣，道：金陵城破，朝廷一毛未得，曾氏作为，殊属可恨，速传上谕，严敕曾国藩，彻查此事，如若为真，则防范不力之员弁，务必从重参办。
恭亲王奕忻道：翰林编修蔡寿褀、御史朱镇、监察御史朱镇，交互弹劾曾氏兄弟专横跋扈、抢掠资财、杀人灭口。
慈禧太后道：哀家察观曾国藩历年奏章，终觉此臣决非佞臣。曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永得勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。