法，他只好赦免窦宪的罪，但从此也没有授予他重任。
公元88年，汉章帝害病死了(窦固也在这一年死了)。他做了十三年皇帝，死的时候才三十一岁。太子即位，就是汉和帝，尊汉章帝的皇后窦氏为皇太后。汉和帝不是窦太后生的，他母亲梁贵人还是被窦太后害死的。汉和帝即位的时候才十岁，窦太后替他临朝。因为儿子不是自己生的，她只能依靠自己的娘家。窦太后的哥哥窦宪执掌大权。汉朝外戚的势力又强大起来了。
窦宪身材不高，可是脸大脖子粗，长得十分威武，他颧骨底下的横肉能够上下抖动，横肉一抖动谁见了都怕。窦宪执掌大权以后，第一件大事就是把禁止私人煮盐和冶铁的法令给废了。为了得到国内大族和财主们的支持，窦宪把盐铁的利益让给了他们。
窦太后不甘于当兄弟的傀儡。窦宪和窦太后兄妹之间也发生过意见冲突。窦太后临朝执政，真的是她自己在执政。
汉章帝驾崩后，都乡侯刘畅来京吊丧，刘畅是刘演的孙子，和帝的伯父，刘畅和窦太后非常要好，凭借这层关系，刘畅得以进入长秋宫。
窦宪害怕窦太后重用刘畅分了他的大权，就派刺客把他给暗杀了，窦太后吩咐窦宪去捉拿凶手。他自己肯定不会捉自己，于是把杀人的大罪推在刘畅的兄弟刘刚身上，说他们弟兄不和自相残杀，窦宪派御史和青州刺史去查办刘刚并严刑拷打他。尚书韩稜上书窦太后说刘畅在京师遇害，刘刚远在青州，应该在京师捉拿凶手才是。太尉何敞亲自调查。结果水落石出，窦太后大怒，将窦宪关闭在内宫。
窦宪自知忤怒太后，于是请求出击匈奴以赎死罪。当时匈奴分南北两部，南匈奴亲汉，北匈奴反汉。正好南匈奴请求汉朝出兵讨伐北匈奴。朝廷便任命窦宪为车骑将军，佩金印紫绶，以执金吾耿秉为副，发北军五校及羌胡兵出塞。
窦宪与北匈奴经过两次大战，北匈奴主力被彻底歼灭，其残部的去向后汉书说是“不知所终”。而按照罗马帝国衰亡史的说法，“这些逃跑的匈奴人”采取“转向西方进军”的战略。长途奔袭到欧洲的黑海和多瑙河一带，接着又同这里的原住民哥特人一起向西侵袭，直到罗马城下，最终古老的帝国在众多‘蛮族’的强大压力下覆亡。从这个角度不妨说窦宪对北匈奴的作战不仅影响了中国历史，而且推动了欧洲的历史进程。
窦宪大胜归来后升任大将军，封武阳侯。
窦宪平定匈奴后威名大盛。于是以耿夔、任尚为爪牙，以邓叠、