正在准备南下。史可法及南明决策人还不以为意，说：“但清既能杀贼，即是为我复仇。予以义名，因其顺势，先国仇之大而特宥其前辜，借兵力之强而尽歼其丑类，亦今日不得不然之着数也。”他们把清入京看成是帮助明朝复仇的友好举动，主张继续借用清兵全歼农民军。与清议和，实行“联虏击寇”的方针，是举朝一致的意见，已成为南明一项国策。
顺治二年(1645年)四月辛未，清军围攻江北重镇扬州。督师江北的兵部尚书史可法率城中百姓抵御清军，最终扬州在被围五天后沦陷。清军攻破扬州之后进行了十天屠杀，史称“扬州十日”。五月初八己丑，清军自瓜洲渡江。清军攻克南京后，多铎命降将刘良佐带清兵追击弘光帝。五月二十二日癸卯，总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，将其献给清军。豫王多铎命去锁链，以红绳捆绑。五月二十五日丙午，朱由崧乘无幔小轿入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝布袍，以油扇掩面，两妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。多铎在灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。宴罢，拘弘光帝于江宁县署。
弘光政权覆灭后，东南地区先后又出现了两个明政权。顺治二年(1645年)闰六月二十七日，张肯堂、黄道周、郑芝龙等旧明官僚拥立唐王朱聿键在福州即位，年号隆武，是为隆武政权。次日，张国维、张煌言等另一批旧明官僚拥鲁王朱以海监国于绍兴，是为鲁王政权。两政权都占有一定地盘，拥有一定兵力，但政治腐败、内部分裂，相互间不能协同作战。
顺治三年(1646年)正月，清廷命博洛为征南大将军，南下浙、闽。五月，清军趁天旱水浅之机渡过钱塘江，鲁王江上诸军皆溃。六月，清军攻占绍兴，鲁王逃往台州。不久，浙东政权军事统帅方国安以及马士英等降清，宁波、温州、义乌等地失守，清军据有浙江大部。鲁王逃往海上，先后依靠郑彩、张名振、张煌言、郑成功等保护。顺治八年(1651年)九月，浙东政权的最后根据地舟山岛被清军攻占。鲁王往依郑成功。顺治十年(1653年)自去“监国”号，浙东政权结束。博洛攻占浙江后，立即挥师南下，分兵两路经衢州、广信(今江西上饶)扑向福建的隆武政权。金声桓部清军则开始攻赣州，进迫福建，切断唐王与湖广的联系。同时，隆武政权掌握兵权的郑芝龙暗中降清，“尽撤关隘水陆诸防”，使清军从容越过福建的门户——仙霞岭，八闽望风瓦解。朱聿键由延平急奔汀州。清赵布泰军经崇安进占福州，