郑芝龙率11万军队投降。接着，清军攻占漳州、泉州、兴化(今福建莆田)等地。隆武帝又为清兵追骑捕获，押回福州处死。隆武政权覆灭。福建、江西尽为清军所占。
顺治三年(1646年)桂王朱由榔在丁魁楚、瞿式耜等支持下在肇庆称帝，是为永历政权。清军占领湖南、两广后即部署云贵战事，但是在顺治九年至十三年(1652年至1656年)间，永历政权在西南以大西军为主，在东南以郑成功、张煌言为主，举行东征和北伐，迫使清廷对云贵的军事行动中断了四五年之久。顺治十六年(1659年)二月，李定国在磨盘山(今云南腾冲、龙陵间)伏击清军失败，被迫退走边境。永历帝见大势已去，遂入缅甸。顺治十八年(1661年)，清军以内大臣爱星阿为定西将军自腾越发兵，分两路追击逃缅明军，南明军受到重大打击。十二月，永历帝被缅人交出，翌年，被吴三桂绞死于昆明。不久，李定国病逝于勐腊。南明政权至此彻底灭亡。清军从入关到消灭南明政权花了18年的时间，入关战争遂告结束，清朝终于建立起对全国的统治。
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