市的时候，小埃阿斯犯下的渎神罪，使得雅典娜决心惩罚希腊人，如同惩罚特洛伊人那样。
据已遗失的史诗洗劫特洛伊说，身为雅典娜神庙女祭司的特洛伊公主卡珊德拉躲在雅典娜庙避难，因为根据传统，在神庙中避难的人受神的庇护而不受伤害。小埃阿斯闯了进来，把她从抱着的“帕拉迪乌姆”神像下拖开，实施了强奸。雅典娜被如此的渎神罪震惊了，把她的眼光移开了正在发生的暴行。希腊人本来决心用石头砸死小埃阿斯，但是他逃到帕拉迪乌姆神像下而逃过一劫。雅典娜产生愤怒不仅仅在于渎神行为本身，还在于希腊人没有惩罚渎神者。所以即使希腊联军的统帅阿伽门农作了最后的努力，“举行了百牲祭以抚平雅典娜的极端的愤怒”，结果仍然是“她不再聆听他”的安抚。雅典娜的憎恨取代了庇护，她不仅撤回了她的庇护，而且她积极的行动起来，策划在希腊人返航的时候摧毁他们的舰队。
在欧里庇得斯的戏剧特洛伊妇女中，波塞冬爽快地答应了雅典娜的请求，雅典娜对波塞冬说：“宙斯将会从天空降下大雨、可怕的冰雹和漆黑的风暴，他允诺借给我他的霹雳投向亚该亚人，火烧他们的战舰。而你，所要做的，是在爱琴海搅起巨浪和漩涡。让广阔的尤卑亚海湾漂满尸体。从此以后希腊人才会敬畏我的祭坛和尊敬所有其他诸神。”
在针对希腊舰队的毁灭性的海上风浪中，雅典娜亲自向小埃阿斯的舰只扔宙斯的霹雳，舰只遭毁沉没。但小埃阿斯奋力游泳，安全地爬上了一块海边的突出岩石。荷马描绘了狂妄的小埃阿斯的最后灭亡，说小埃阿斯暗自庆幸，吹嘘自己逃过大难，连神意也奈何他不得。波塞冬举起三叉戟，把那块海岩劈成两半，小埃阿斯随着碎石跌落无底的大海，这次再也没有爬上岸。
雅典娜一怒之下摧毁了胜利的希腊舰队，而希腊人的对手特洛伊人的遭遇更惨，他们的国家都因为雅典娜的意志而毁灭了。
在某种意义上，特洛伊的故事是一座在雅典娜保护下的城市失宠的故事。特洛伊城，有着神帮助建立的坚固城墙，加上拥有着名的“帕拉迪乌姆”，因而处于雅典娜特别的保护之下，本来是不可能陷落的。由于在“帕里斯的裁决”中，雅典娜输给了爱神阿芙洛狄特，“不能容忍失败的”女神从此把整个特洛伊民族作为憎恨的对象。在希腊人攻打特洛伊的战役中，作为特洛伊的护城女神，雅典娜不仅不履行职责，相反积极地推动特洛伊的毁灭。可是可怜的特洛伊人并不知道他们已经被他们敬拜的女神抛弃了，在伊利亚特